最近Nucleic Acids Research雜志在線發(fā)表了首個人類血液外泌體長鏈RNA數(shù)據(jù)庫exoRBase(www.exoRBase.org)，收錄了上萬條環(huán)狀RNA(circRNA)、長鏈非編碼RNA(lncRNA)和mRNA。該數(shù)據(jù)庫由復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院/腫瘤研究所(復(fù)旦腫瘤所)黃勝林課題組完成，這是該課題組繼2015年Cell Research首次報道環(huán)狀RNA富集于外泌體并存在于血液中的工作延續(xù)。

外泌體是近年的研究熱點，作為納米級別的小囊泡卻有強大的功能和應(yīng)用前景，特別是存在于體液中，是目前液體活檢關(guān)注的重要領(lǐng)域。外泌體是由活細胞分泌的，包裹著細胞來源的核酸和蛋白等活性分子，具有介導(dǎo)細胞間的通訊等作用，由于攜帶了反映來源細胞的特異性信息，是理想的生物標志物。長鏈RNA包括mRNA、lncRNA和circRNA等，這些RNA數(shù)量多且存在很多組織細胞特異表達信息，以往認為它們主要在細胞內(nèi)，不會存在于體液中(體液中存在很多RNA酶)，近年發(fā)現(xiàn)它們可能被外泌體包裹釋放到體液中，可作為外泌體RNA在疾病中的診斷標志物或功能靶點。與以往研究較多的miRNA相比，長鏈RNA數(shù)量遠遠大于miRNA(血液miRNA不足1000個)，而且可能攜帶來源細胞的特異性信息，對外泌體長鏈RNA的研究正越來越受關(guān)注。黃勝林課題組在前期基礎(chǔ)上，改進并完善了血液外泌體長鏈RNA的高通量測序方法，通過對正常人和不同疾病外泌體RNA的測序分析，發(fā)現(xiàn)血液外泌體存在著幾萬條的環(huán)狀RNA、長鏈非編碼RNA和mRNA。exoRBase正是基于這些分析基礎(chǔ)上建立，旨在收錄正常人和不同疾病患者血液外泌體里所有的長鏈RNA信息及其表達特征。

exoRBase建立了一套針對外泌體RNA測序數(shù)據(jù)分析的標準流程，對環(huán)狀RNA進行了預(yù)測和注釋分析，同時比對和定量了lncRNA和mRNA表達情況。為確定血液外泌體RNA的組織來源，作者基于GTEx數(shù)據(jù)庫的30個不同組織的RNA測序表達數(shù)據(jù)，計算了每一個lncRNA和mRNA的組織特異性得分，針對外泌體與其關(guān)聯(lián)組織進行血液外泌體RNA來源的推測。數(shù)據(jù)庫可從多種角度(基因名、染色體定位、circRNA關(guān)聯(lián)基因等)進行檢索，并找到具有不同特性的外泌體RNA，及其組織特異性、疾病關(guān)聯(lián)性和表達情況。目前數(shù)據(jù)庫收錄的樣本包括32例正常人和少量疾病患者的數(shù)據(jù)，共記錄了58 330 circRNAs，15 501 lncRNAs和18 333 mRNAs。exoRBase將為外泌體長鏈RNA研究和液體診斷提供有力的信息平臺和靶點。

該數(shù)據(jù)庫的基礎(chǔ)RNA測序數(shù)據(jù)分析主要是基于烈冰科技的NovelBrain®云平臺(www.novelbrain.com)。烈冰科技獨立開發(fā)的基因大數(shù)據(jù)分析平臺(NovelBrain®)擁有強大的高性能計算能力、完善的樣本及大數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)，同時具備深度挖掘能力，并支持定制化分析模塊自主上線。