中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所/馬普計算生物學(xué)研究所徐書華團隊新近建立的全基因組單核苷酸變異數(shù)據(jù)庫（PGG.SNV），收集了超過20萬個基因組，涵蓋了800多個現(xiàn)存人類族群和來源于古DNA研究的100多個已消亡人類族群，有助于更深入解析人類基因組變異的功能、表型效應(yīng)，對我國及周邊國家人群的進化遺傳和醫(yī)學(xué)研究具有重要價值。相關(guān)研究論文日前在線發(fā)表在國際學(xué)術(shù)刊物《基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)》上。

徐書華團隊通過全基因組深度測序技術(shù)，收集、整合公共人類基因組數(shù)據(jù)，獲得2.5億以上人類單核苷酸變異，進行了變異頻率、基因多樣性、群體分化、功能效應(yīng)、進化保守性、自然選擇信號、連鎖不平衡等方面的解析和注釋，對人類孟德爾遺傳疾病關(guān)聯(lián)變異的頻率進行了分析。研究發(fā)現(xiàn)，7%的此前報道的罕見病風(fēng)險變異在很多人群中處于高頻狀態(tài)，提示疾病分析中突變的稀有性不是確定該變異與疾病關(guān)聯(lián)的金標準；孟德爾疾病突變在不同族群中頻率存在差別，表明不同族群的遺傳負荷存在差異。

研究中，科研人員還將PGG.SNV數(shù)據(jù)庫與目前廣泛使用的gnomAD數(shù)據(jù)庫進行了比較，認為由西方學(xué)者主導(dǎo)的gnomAD數(shù)據(jù)庫未能很好地代表人類族群的多樣性。近一半的基因組來自西方人群，遺傳多樣性最高的非洲人群的基因組僅占9%，缺乏代表性亞洲人群的數(shù)據(jù)。尤其是當研究對象為特定的亞洲人群時，gnomAD數(shù)據(jù)庫的實際應(yīng)用價值有限。