4月7日至9日，國際著名科學(xué)期刊《Nature》連續(xù)三天在不同的平臺上為曾將新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）與武漢關(guān)聯(lián)道歉。

事實(shí)上，自從SARS-CoV-2出現(xiàn)以來，其起源問題就一直備受爭議。近日，發(fā)布在PNAS上的一項(xiàng)新研究報(bào)告揭示了病毒的起源與傳播路徑，并指出美國和澳大利亞出現(xiàn)了更多接近原始冠狀病毒的病毒基因組類型。

來自英國劍橋大學(xué)和德國的研究人員利用基因網(wǎng)絡(luò)技術(shù)重建了SARS-CoV-2在人類體內(nèi)的早期“進(jìn)化路徑”，發(fā)現(xiàn)這個(gè)過程中病毒主要存在A、B、C三類突變，其中A類和從蝙蝠、穿山甲身上提取的冠狀病毒最為相似。

https://doi.org/10.1073/pnas.2004999117

2月3日，中國科學(xué)院武漢病毒研究所石正麗教授團(tuán)隊(duì)發(fā)布在《Nature》的一項(xiàng)研究指出，SARS-CoV-2的基因組與蝙蝠冠狀病毒的基因組存在96%的相似性?；诖?，這項(xiàng)研究將蝙蝠冠狀病毒設(shè)定為起源。

研究人員使用從全球流感序列數(shù)據(jù)庫(GISAID)中獲得的早期160個(gè)病毒基因組數(shù)據(jù)繪制了病毒進(jìn)化網(wǎng)絡(luò)，確定了SARS-COV-2三種核心變異：

•A型：最接近蝙蝠冠狀病毒；

•B型：由A型通過同義突變T8782C和非同義突變C28144T派生；

•C型：由B型派生，區(qū)別在于非同義突變G26144T 。

具體而言，在數(shù)據(jù)集中，A型是“疫情的根源”（the root of the outbreak），雖然存在武漢，但卻并不是當(dāng)?shù)刂饕牟《绢愋停话雭碜杂诿绹桶拇罄麃喌母腥菊?。B型在武漢及整個(gè)東亞都更為常見，只有19個(gè)基因組源于東亞以外的國家，并且都進(jìn)化出了突變，這可能是因?yàn)闁|亞以外的地區(qū)存在對該類型病毒的抵抗力。C型主要為歐洲的病毒類型，在法國、意大利、瑞典和英國的早期患者中均有發(fā)現(xiàn)，另外，雖然該研究在中國大陸樣本中沒有發(fā)現(xiàn)C型變異，但在新加坡、香港和韓國的樣本中卻有出現(xiàn)。

160個(gè)SARS-CoV-2基因組的系統(tǒng)進(jìn)化網(wǎng)絡(luò)。

借助SARS-CoV-2基因進(jìn)化網(wǎng)絡(luò)，研究人員也重建了一些國家的感染路徑。比如，病毒最初進(jìn)入意大利不僅僅是因?yàn)?月27日首次記錄在案的源自德國的感染事件，還可能與“新加坡群體感染”事件有關(guān)。

據(jù)了解，自這項(xiàng)研究進(jìn)行以來，研究人員已經(jīng)將其分析擴(kuò)展至1,001個(gè)病毒基因組。盡管尚未經(jīng)過同行審查，但這項(xiàng)研究報(bào)告的第一作者M(jìn)ichael Forster說，最新研究表明，COVID-19的首次感染和傳播是在9月中旬至12月初之間發(fā)生的。

截至目前，全球累計(jì)確診病例數(shù)超過200萬，累計(jì)死亡病例近12萬，疫情仍在繼續(xù)蔓延。

參考資料：

[1] COVID-19: Genetic network analysis provides 'snapshot' of pandemic origins

[2] Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes

[3] 《Nature》連續(xù)三天向中國道歉!

原標(biāo)題：PNAS：劍橋?qū)W者揭示SARS-CoV-2進(jìn)化網(wǎng)絡(luò)，“原始類型”多見于美澳