日前，一項刊登在國際雜志Nature Biotechnology上的研究報告中，來自MIT博德研究所等機構(gòu)的研究人員通過研究開發(fā)了兩種名為MSMuTect和MSMutSig的新型計算機工具，這兩種工具或能幫助揭示微衛(wèi)星(microsatellites)序列突變的頻率以及其如何誘發(fā)癌癥。

圖片來源：Susanna M. Hamilton

微衛(wèi)星是短的DNA串聯(lián)重復(fù)序列，比如TCGTCGTCG或ACACAC序列的重復(fù)等，微衛(wèi)星序列在基因組中非常常見；如今研究人員將微衛(wèi)星序列的遺傳性插入和刪除突變同40多種遺傳性疾病聯(lián)系了起來，同時他們還在實驗室中檢測了特定類型癌癥發(fā)生過程中所出現(xiàn)的突變是自發(fā)突變還是獲得性的突變（插入和缺失，indels），然而，由于技術(shù)上的限制，研究人員無法利用基因組測序來系統(tǒng)性地對癌癥相關(guān)的體細(xì)胞微衛(wèi)星插入缺失突變進(jìn)行有效分類。

這項研究中，研究人員通過聯(lián)合研究開發(fā)出了兩種新型的計算機工具，其能夠基于對腫瘤細(xì)胞的測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析來有效檢測微衛(wèi)星插入缺失突變。這兩種工具能利用統(tǒng)計學(xué)方法幫助鑒別微衛(wèi)星突變，同時還能夠指示擁有較多插入確實突變的基因。研究者M(jìn)aruvka等人利用6747份腫瘤樣本（代表20種癌癥）的全外顯子組測序數(shù)據(jù)對這兩種新型工具進(jìn)行了檢測，同時通過癌癥基因組圖譜與正常的組織進(jìn)行了匹配分析，這兩種工具能夠鑒別出1000多種此前并未被描述的體細(xì)胞微衛(wèi)星插入缺失突變，同時研究者還在7個基因中發(fā)現(xiàn)了潛在的促進(jìn)癌癥發(fā)生的突變熱點區(qū)域，其中3個基因此前并未發(fā)現(xiàn)是癌癥的潛在驅(qū)動子。

研究者還發(fā)現(xiàn)，MSMuTect工具能夠根據(jù)微衛(wèi)星序列的不穩(wěn)定性對腫瘤進(jìn)行準(zhǔn)確分類，微衛(wèi)星不穩(wěn)定性是患者臨床潛在的一個重要特性。這兩種新型計算機工具的開發(fā)擴充了研究人員Getz及其同事所開發(fā)的序列分析工具包，而這些工具包中的工具能夠檢測并且描述癌癥測序數(shù)據(jù)中的體細(xì)胞突變及其它突變，其中包括MutSig和MuTect（對點突變進(jìn)行特性分析）、MutSigCV（能夠?qū)⒒虮磉_(dá)和其它數(shù)據(jù)合并增加MutSig的準(zhǔn)確率）、ABSOLUTE（測定腫瘤樣本的純度，并且尋找染色體數(shù)量異常的證據(jù)）、GISTIC（搜尋拷貝數(shù)發(fā)生明顯的基因組區(qū)域）。

原標(biāo)題：Nat Biotechnol：科學(xué)家開發(fā)出能從癌癥序列中有效篩選出微衛(wèi)星突變的新型計算機分析工具